Ale jo, třeba SAGA, ale není to zase až tak úplně jednoduché:
http://www.saga-gis.org/en/about/software.html...
musel bys:
1) udělat si tabulku se souřadnicemi X, Y a hodnotou výšky, stačí v metrech, nějak to odečíst z těch čtverců, uložit jako DBF
2) v SAGA načíst tabulku, převést na body (shapefile)
3) interpolovat - např. Multilevel B-Spline - rychlé a jednoduché
4) z interpolovaného gridu vykreslit izolinie
5) výsledek pak uložit třeba jako obrázek, nebo jako shapefile pro další použití v gisech
dělal jsem to už několikrát, je to ozkoušený a funkční postup. Někde bych měl uloženou i češtinu pro SAGA, kdyby byl zájem.
PS: ten soft je free 
