O tom, že "Dokáže zbavit počítač i těch nejskrytějších nepřátel", jak se píše v posledním odstavci, by se dalo silně pochybovat... HijackThis je obyčejná user-mode aplikace, takže je neúčinná např. proti většině rootkitů běžících v kernelu. Stačí, aby byl tvůrce viru (spywaru, trojana apod.) trochu schopnější a HijackThis si ani neškrtne...
Spousta lidí pak má falešný pocit bezpečí...a botnety se díky nim pěkně rozrůstají