reklama

DicomWorks: vše pro práci s medicínskými obrazy DICOM

Program umožní prohlížet a analyzovat medicínské DICOM obrazy a nabízí bohaté možnosti exportu.

Medicínská obrazová data z různých zobrazovacích metod, např. ultrazvuku, CT, nukleární magnetické rezonance, apod., používají standardizovaný formát DICOM. Potřebujete-li taková data zobrazit a pracovat s nimi, je vhodné použít také speciální program. Jedním z takových programů je DicomWorks, který sází na jednoduché rozhraní a je zdarma, byť musíme "strpět" úvodní obrazovku nag screen. To však nijak neomezuje použití. Disponuje funkcemi pro analýzu obrazu pro praktickou diagnostiku, což je pilířem použití programu. Umí také snímky exportovat do běžných formátů obrázků či videa.

Patrně jste již někdy viděli nějaké lékařské obrázky, například snímek z rentgenu, ultrazvuku či třeba CT. Všechna tato data se dnes zpracovávají pomocí výkonné výpočetní techniky. Jako například RAW či JPEG je prakticky standardem digitální fotografie, tyto obrázky mají svůj standardní formát DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) a je celosvětovým standardem k zobrazování, ukládání a sdílení těchto obrazů. Tato data nejsou jen obraz, ale obsahují další informace o pacientovi, vyšetření, vlastnostech obrazu, atd. Tato metadata lze přirovnat k EXIF datům. DICOM je standardizovaný a tak například lékař z Austrálie vidí stejný snímek jako český lékař a nemá problém jej zobrazit, tudíž kompatibilita je zaručena.

K DICOM obrazům se sice běžně nedostaneme, avšak spousta ukázkových DICOM souborů lze nalézt například zde. Lékař Vám však může dát Vaše vlastní snímky domů a díky DicomWorks si je můžete prohlédnout.

Pracuje pouze s DICOM, běžné grafické formáty neotevře

Načítá jakékoli DICOM soubory. Můžeme zobrazovat obrazy z počítačové tomografie (CT), magnetické rezonance, rentgenu, sonografické obrazy (ultrazvuk) a jiné typy medicínských obrazů. Poradí si také s animovanými obrazy, kde se například pozoruje průtok cév či jiné pohyby. Nejčastější je přípona DCM, bez problému načítá i soubory DIC (pozor na shodu s DIC slovníkem ve Wordu), archivy DMZ či soubory bez přípony, jsou-li správně kódovány. S běžnými bitmapovými obrazy (JPEG, apod.) si neporadí, nabízí však export.

DicomWorks umí načíst nejen jednotlivé DICOM soubory, ale také celou složku s DICOM obrazy a jednotlivé soubory pak procházíte ve stromu. Disponuje mnoha funkcemi pro měření vzdálenosti, definici ROI, zoom, statistika obrazu a samozřejmě čtení metadat.

Klepněte pro větší obrázek
Příklad načteného obrazu z MRI mozku v DicomWorks. Možno načíst celou složku souborů.

Také je možnost rozdělení plochy a zobrazení až čtyř obrazů. To se hodí pro srovnávání a zobrazení různých pohledů zároveň.

Klepněte pro větší obrázek
Zobrazení několika obrazů najednou se hodí pro různé pohledy či řezy

 Analyzujeme a měříme

Velká část medicínských dat je ve škále šedi a tak jsou pixely reprezentovány hodnotou intenzity dle hustoty (denzity) dané tkáně. V DicomWorks lze plynule měnit jas i kontrast obrazu pomocí myši táhnutím v obraze vlevo/vpravo, resp. nahoru/dolů. To se hodí, chceme-li lépe vidět určité struktury. Lze též použít tzv. auto-levels funkci, automatické nastavení kontrastu dle obrazu. Obvykle však tato funkce to s obrazem „přežene“ a obraz je příliš kontrastní.

Klepněte pro větší obrázek
Použití automatického jasu může znehodnotit obraz nebo naopak zobrazit potřebné detaily struktur

DicomWorks poskytuje nástroje pro analýzu a měření. Předpokladem pro použití většiny těchto funkcí je, že je obraz správně kalibrován, tedy je dána skutečná velikost pixelu na milimetry. Díky tomu pak můžeme měřit v obraze vzdálenosti, úhly, plochu, obsah ROI, apod. To pomáhá lékařům v praktické diagnostice. Tyto funkce jsou pilířem analýzy dat a hodnocení nálezů.

Klepněte pro větší obrázek
Paleta nástrojů pro analýzu skrývá měření plochy vzdálenosti a úhlů, definice oblasti zájmu ROI, anotace a další možnosti

Použití těchto nástrojů je základem zpracování medicínských obrazových dat. Lékař potřebuje znát plochu vyšetřovaných defektů, vzdálenosti, atd. V nabídce Display nalezneme také možnosti zobrazení (užitečná je zejména možnost Real pixels size pro zobrazení dle skutečné velikosti pixelu). Dále zde najdeme celou řadu obrazových filtrů.

Klepněte pro větší obrázek
Nechybí ani řada pokročilých obrazových filtrů

Anonymizujeme obrazy vymazáním DICOM metadat

Jak jsme řekli, DICOM metadata ukrývají spoustu pro lékaře cenných informací. Někdy jsou zde však přímo údaje o pacientovi. To může být často nežádoucí a proto DicomWorks umí vybraná data vymazat. Metadata jsou dostupná pod tlačítkem DICOM tags. Máme k dispozici Simple editor (základní data) a Detailed editor (všechna data). Anonymizovat obraz lze snadno označením políček a stiskem Anonymize these tags.

Klepněte pro větší obrázek
Citlivá metadata DICOM lze snadno vymazat

Exportujeme DICOM do běžných formátů, do videa nebo HTML

DicomWorks sice jiné formáty nenačítá, má však bohatou nabídku exportu dat. Občas je třeba obrazy exportovat do formátu „pro běžného smrtelníka“. Obrazy lze exportovat do různých formátů, včetně videa, HTML, PDF či PSD.

Klepněte pro větší obrázek
Možnosti exportu jsou bohaté jak na formáty, tak možnostmi, kam exportovat. Stačí zvolit jaké snímky, do jakého formátu a kam.

Možnost AVI sekvence je zajímavá – vytvoří z vybraných obrazů video, kde jdou jednotlivé snímky po sobě. Vhodné pro prezentace stejně jako HTML stránka s náhledy.

Výkonný nástroj pro DICOM zdarma

DicomWorks je šikovným programem pro zobrazování a analýzu medicínských obrazových dat ve formátu DICOM. Zvládá to, co bychom od takového programu čekali. Osloví bohatými možnostmi pro analýzu, včetně filtrací a širokými možnostmi exportu dat. Dříve byla na webu programu ke stažení česká lokalizace, avšak ta nyní není bohužel k dispozici. U neregistrované neplacené verze musíme při spuštění čekat deset sekund a zobrazí se tzv. nag screen. DicomWorks neumí pokročilé funkce v 3D obrazech jako je voxel rendering, apod.

Klepněte pro větší obrázek
Registrace je zcela zdarma a odemkne některé další funkce programu. Ty ukazuje nag screen.

Programů pro zobrazování DICOM dat a jejich analýzu je mnoho, napířklad Sante DICOM Viewer či MicroDicom. K ilustračním obrázkům programu byly použity snímky z výše uvedeného zdroje ukázkových souborů.
 

Témata článku: Software, Metadata, Export, Apod, Voxel, Medicine

3 komentáře

Nejnovější komentáře

  • akira.uzai 19. 8. 2013 7:41:12
    Už vidím, jak nějaká laborka bez toho aby dostala papír s pěti razítky...
reklama
Určitě si přečtěte

UPC překopli páteřní kabel. V Brně i druhý den nejede internet ani kabelovka

UPC překopli páteřní kabel. V Brně i druhý den nejede internet ani kabelovka

** V Brně byl velký výpadek služeb UPC ** Důvodem je překopnutý páteřní kabel ** V některých lokalitách služby stále nefungují

5.  12.  2016 | Jakub Čížek | 104

17 expertek Microsoftu předpovědělo rok 2027. Splní se alespoň něco?

17 expertek Microsoftu předpovědělo rok 2027. Splní se alespoň něco?

** Zmizí klasické vyhledávače ** Budeme programovat buňky ** Kvantové počítače překonají šifry

6.  12.  2016 | Jakub Čížek | 36

11 tipů na dobrý stolní počítač: od základu po herní mašiny

11 tipů na dobrý stolní počítač: od základu po herní mašiny

** Postavte si stolní počítač! Máme pro vás 11 vzorových sestav s rozpisem komponent ** Většina tipů cílí na hráče, věnujeme se ale i základnímu PC a počítačům na střih videa ** Nadělte si nový počítač třeba pod stromeček

5.  12.  2016 | Adam Kahánek | 74

Nejlepší notebooky nad 20 tisíc: poradíme, které teď chcete

Nejlepší notebooky nad 20 tisíc: poradíme, které teď chcete

** V notebooku s cenou nad 20 tisíc nesmí chybět kvalitní displej a rychlé úložiště ** Za dalších deset tisíc můžete dostat navíc styl nebo výkonnější komponenty ** Vybírat můžete z různých velikostí i konstrukcí

8.  12.  2016 | Stanislav Janů | 87

Technosféra naší Země má už hmotnost 30 bilionů tun

Technosféra naší Země má už hmotnost 30 bilionů tun

** Vědci odhadli přibližné množství strukturu vytvořených člověkem, které jsou na Zemi ** Přibližný odhad je, že tyto struktury mají dohromady hmotnost kolem 30 bilionů tun ** Jak to ovliní biosféru?

Včera | Karel Javůrek | 9


reklama