Akce proti Megauploadu byla mimo jiné založena i na důkazech ze soukromé komunikace mezi členy vedení úložiště. Podle webu Cnet americké úřady tuto komunikaci získaly díky legálnímu spyware, který mohli vyšetřovatelé z FBI použít na základě soudního rozhodnutí.
Faktický šéf Megauploadu Kim Dotcom a další byli odposlouchávaní celé roky, stopy totiž podle Cnetu sahají až do roku 2007. Úřad vyšetřování FBI získal vedle e-mailů také záznamy z komunikace skrze Skype. I v tomto případě agenti nejspíše použili spyware, protože Skype samotný odmítl, že by se na něj úřady někdy obrátily.
Z citací je zřejmé, že se manažeři Megauploadu obávali Dotcomových nesrovnalostí v byznysu už v roce 2007 a považovali situaci za riskantní.